偏头痛患者进行核磁共振有用，可明确排除颅内器质性疾病，如脑血管病、脑炎、血管炎或颅内脱髓鞘疾病，以及占位性病变如脑肿瘤，此类疾病有时会表现为类似偏头痛发作。若不进行核磁共振，则无法排除器质性疾病，如果直接按照偏头痛治疗，则可能会延误病情，导致较严重后果。
多数偏头痛患者伴有严重焦虑、抑郁，虽然临床表现较有特征性，但若未进行头颅影像学检查，会加重患者焦虑、抑郁情绪。此时进行磁共振检查，排除有无器质性疾病，对患者也是保证，给患者治疗疾病的信心。
