肛瘘患者必须进行手术治疗，肛瘘是感染性疾病，肛腺感染发展到肛门周边，最后可能与外侧的肛门皮肤相通形成纤维化窦道。如果不进行手术，炎症无法治愈、感染原无法去除，肛瘘会反复发作，而每次发作都有可能使脓肿感染范围增加。
此外，如果不进行手术，则可能使简单性单纯肛瘘最后演变为非常高位的、复杂的肛瘘。高位的复杂肛瘘至今为止一直是整个外科系统的难题，处理非常困难。因此尽量不应等到其发展到高位、复杂后再去治疗，肛瘘一旦发现必须进行手术治疗。
