结肠炎有两种，一种叫慢性肠炎，常由细菌引起。比如慢性痢疾，现在已经少见，这时服用消炎药，如黄连素类的药物；
另一种慢性肠炎，称为免疫性疾病，如溃疡性结肠炎、克隆氏病，就不能服用消炎药，要使用免疫抑制剂治疗，这是口服的药物。
部分结肠炎患者可通过灌肠，这种方式局部药的浓度高，而全身吸收的比较少。因每一种药物通过口服后是需进入血液内才能吸收较好，但存在一定的副作用。
如果是灌肠，则药物只能在肠子内部维持较高的浓度，所以除了吃药以外还可灌肠，通过结肠给药减少药物的副作用，但是需要在消化科医生指导下使用，因为需区别是由细菌引起的肠炎，还是免疫出了问题，这两样用药完全不相同，所以不能随便用药。
如一般的慢性肠炎，可用一些黄连素较多见，或是目前不经常使用的磺胺类等，而使用黄连素较为安全。
免疫性的溃疡性结肠炎治疗药物多数都有副作用，像激素类药物的使用应该慎重，一定要在医生的监护下使用，因激素类药物可引起高血压、溃疡病、糖尿病等。
