细菌与真菌为不同致病源，细菌与真菌感染均可以引起机体相应部位炎症，可能存在相似临床表现。如肺炎可以是真菌感染引起或细菌感染引起，都可以存在发热、咳嗽、咳痰等表现。胸片检查提示肺部炎症渗出，但二者属于不同类型病原体，用药不同。
细菌感染需应用抗菌素治疗，真菌感染需要抗真菌药治疗，如伏立康唑。病情轻重有所不同，细菌感染应用抗生素治疗效果良好，但真菌感染治疗较为困难，病情较重，如曲霉菌引起的肺炎，治疗可能需要3-6个月。
