有机磷中毒中最常见并发症就是中间期肌无力综合症，可能会导致整个呼吸功能丧失。但一般通过积极治疗，以及插管、上呼吸机，等待呼吸肌恢复，一般来说一周到两周就可以恢复。
另外，有机磷中毒比较严重并发症就是迟发性周围神经病。有机磷中毒之后，大约有10%病人在两周左右出现四肢麻木以及瘫痪，以下肢为重。
