对于自身免疫性脑炎来说，有10%-30%的患者可能复发，几率并不是很高。即使复发，严重程度也不如第一次发作。要避免复发，第一次治疗一定要彻底，调整激素药物用量，包括免疫抑制剂的用量，需要在医生指导下完成。
吗替麦考酚酯和硫唑嘌呤都可以用，可以减少复发的严重程度，需要用在预防复发治疗中。另外，需要注意全身肿瘤的筛查，对于随访患者一定要注意肿瘤筛查，因为有一部分自身免疫性脑炎与副肿瘤综合征有关，需要定期随访肿瘤。
