肠易激综合征通常需要和肠道疾病或肠道外引起腹部症状的疾病鉴别，主要鉴别的疾病为溃疡性结肠炎，它们都有腹痛症状，但是溃疡性结肠炎在结肠镜下会有明显的肠道黏膜病变，如糜烂、溃疡，一般可以通过肠镜检查鉴别。
患者最担心的往往是结肠肿瘤，通过结肠镜，对于结肠肿瘤，一般可以发现肠道有新生物，结合病理检查基本上能鉴别。有其他心身疾病，腹部症状特别严重的，如部分器质性精神障碍，需要通过头部CT鉴别。
