甲硝唑属于针对厌氧菌感染的药物，尿道炎大多数为革兰氏阴性杆菌感染，如大肠杆菌比较常见，尿道炎时服用甲硝唑，并不是特别对症。如果通过尿培养，检测出尿液中含有厌氧菌感染，此时才推荐应用甲硝唑类抗厌氧菌药物进行治疗。
对于大多数或没有特殊病原体感染的尿道炎，更多建议通过广谱抗菌素进行治疗，如常用的喹诺酮类抗生素，左氧氟沙星，或二代、三代头孢类抗生素，以及磷霉素等，均可以有效治疗大多数尿道炎。
