肛瘘手术恢复时间差异较大，与患者具体病情，如瘘管大小、病情复杂程度、手术方式等密切相关。一般单纯低位肛瘘，手术切口较小、创伤小，恢复较快，约一周左右即可出院，出院后恢复时间大约2周。高位肛瘘一次性根治手术住院时间较长，一般需2周左右，出院后恢复时间约4-6周。复杂性肛瘘一般有多个外口、位置较高或合并结核病、克罗恩病等其他疾病，病情复杂，治疗周期较长，恢复期约几个月甚至更长时间。
