对于食管黏膜损伤的治疗需去除损伤诱因，加用保护黏膜等药物以促进黏膜愈合、迅速缓解症状。
经常食用过烫食物或长期进食粗糙、辛辣食物的人群，应避免刺激性食物摄入；反流性食管炎的患者可出现胃酸或胆汁反流进入食管，可引起食管黏膜损伤，应去除诱因，减少胃酸或胆汁反流。还可使用抑酸药物或螯合胆汁药物，同时加用黏膜保护剂，在食管、黏膜和损伤之间形成保护膜，减少损伤因素，可促进食管黏膜损伤愈合、使症状迅速缓解。
