胃镜检查通常不会有危害，但多数患者害怕进行胃镜检查，因为胃镜检查过程会引起不适，患者会感觉到恶心。现在可以进行无痛胃镜，在麻醉状态下进行胃镜，从而患者会处于半清醒、半麻醉状态，减少胃镜带来的不适感。
无论是普通胃镜还是无痛胃镜，均不会对患者造成伤害，所以建议有胃部不适或者上腹部不适、恶心、嗳气等患者，尽早进行胃镜检查。
