肛瘘无法自愈，需进行手术治疗。肛瘘合并脓肿时，会急性产生脓性反应，通过用药或排脓的方法可得到暂时缓解，但瘘道错综复杂，该病无法自愈。
建议发现后，在身体及时间条件允许时，尽早进行手术。肛瘘可通过注意个人清洁、注意特殊疾病的方式，进行早期预防，效果较好，大部分人群能够得到预防，但部分的特殊人群难以预防。
