胃间质瘤术前会对患者重要脏器功能进行全面评估，包括心脏功能、肺功能、肝功能、肾功能，确诊能够耐受麻醉手术的情况下，才会安排手术治疗。因此，胃间质瘤手术风险在可控范围内，大部分患者能够安全度过围手术期，少数患者因为自身合并其他疾病，如心脏疾病、肺部疾病、肝硬化、肝功能异常，术中、术后可能出现相应并发症，包括心力衰竭、心律不齐、肺部感染、肝功能异常等情况，经过积极药物处理，大部分患者能够顺利恢复。
