胃间质瘤是来源于中胚层的肿瘤，具有一定的特殊性，胃间质瘤的良恶性并无严格界限，需手术切除后进行病理检查明确。在临床上胃间质瘤直径小于3cm一般考虑为良性；若胃间质瘤直径大于3cm，具有潜在恶变可能。
部分特殊情况下，胃间质瘤直径小于3cm也具有恶变可能，恶性程度相对胃癌较低。恶性胃间质瘤若处理不当，易引起复发或转移至其他脏器，如肝脏、肺等，但是临床上较少见。
