甲状腺癌的病理分型相对复杂，尤其WHO（世界卫生组织）的ABC分型更加复杂，最常见的分型方法根据病理类型分为乳头状癌、滤泡状癌、髓样癌和未分化癌。
其中乳头状癌和滤泡状癌统称为分化型甲状腺癌，占总体比例90%以上，五年生存率可达98%左右，及时发现、及时治疗，预后相对较好。髓样癌和未分化癌在临床所占的比例较少，恶性程度较高、预后相对较差。
