自身免疫性肝炎的药物治疗，首先医生要对自身免疫性肝炎的病人做相应检查，包括肝功能的检查、B超的检查。如果病人存在肝功能异常，则需服用保肝、护肝的药物，如甘草酸类药物等。如果病人肝功能正常，还需终生服用一种药物叫熊去氧胆酸，该药物作用于胆小管末端，是自身免疫性肝炎的靶器官，也就是受损的器官。另外，自身免疫性肝炎轻重不一，如疾病非常严重，病人会出现肝功能反复异常，使用各种保肝药物均不能使肝功能恢复正常时，医生将对其使用激素治疗，疗程会很长，可能需1-2年，有时还要合用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤，两种药物合用，才会使病人的肝功能恢复正常。而具体使用的药物，需根据病人病情的轻重决定。在治疗期间，病人要随时进行复查，复查最关键的项目就是肝功能，一定要让病人的肝功能完全恢复正常才可以。恢复正常以后，就可以让病人长期服用熊去氧胆酸，然后定期复查肝功能即可。综上所述，对于自身免疫性肝炎患者，不能说什么药是最好的药，只能说什么药是最适合的药。具体判断的方式则需根据每个人的病情而定，但有一个药需终身服用，就是熊去氧胆酸。根据病人肝功能的情况，如果轻度异常，则需服用保肝、护肝的药物；如果肝功能明显异常，而且长期控制不佳，则需使用激素，有时需配合硫唑嘌呤类免疫抑制剂。
