深的牙周袋内,内壁的化脓性炎症向深部结缔组织扩展,而脓液无法排除,这时可以形成袋壁软组织内的脓肿。由于袋壁曲折,涉及到多个牙面的深层的牙周袋,脓性的渗出物不能顺利引流,特别是累及到根分叉区,洁治或者刮治时,动作粗暴,将牙结石碎片和细菌推入牙周袋深部组织或损伤牙龈组织,牙周袋的刮治术不彻底,导致牙周袋袋口紧缩,但牙周袋底部的炎症仍然存在,没有得到很好的引流。
牙髓治疗时,根管或髓室壁侧穿,牙根折裂等,有时也可以引起牙周脓肿,机体抵抗力下降,或者是有严重的全身疾病,如糖尿病,容易发生牙周脓肿。对多发性和复发性牙周脓肿的患者应注意排除糖尿病的可能性,独立较强的牙周致病微生物在牙周袋内定植增殖,可使感染加重或者是扩散。