显微取精手术方式主要为切开睾丸，而后在显微镜下寻找饱满的曲细精管，从而提取出精子。因显微取精手术过程中要剖开睾丸，故无可避免会对睾丸局部血管造成损伤，但又因是在显微放大10倍左右视野下寻找饱满输精管，故对睾丸血运影响相对较小。因此若由经验丰富的男科或泌尿外科医生实行手术，多数不会对睾丸造成严重伤害。
当然，显微取精手术对睾丸存在轻微血液循环，及性功、性腺、性腺激素分泌影响外，还可能造成术后睾丸萎缩，但总体对睾丸伤害较小。
