无痛肠镜可让病痛降低甚至感觉不到疼痛，做肠镜之前用全身静脉麻醉药物使患者进入睡眠状态，在做肠镜检查过程中还会持续用短效麻醉和镇静药物，所以在做肠镜检查过程中几乎感觉不到痛苦，患者清醒时肠镜已经做完。
做完以后可能残留不适症状，因为在做肠镜时，镜身对肠道有牵拉和刺激，如做完以后肠道牵拉状态未解除，可能会维持一段时间不适。短则1-2天，长则需要一周。如果做肠镜时做了息肉活检、切除息肉或切除肠道黏膜等治疗，肠镜结束后患者可自觉不适，甚至出现便中带血。
