因为伤寒杆菌是一种细菌感染疾病，所以最主要就是病原学治疗，也就是抗伤寒杆菌治疗，也可简称为抗菌治疗。抗菌治疗至少要10-14天，因为伤寒杆菌可以通过单核吞噬细胞系统而到达全身多个脏器，比如肝、脾、淋巴结、骨髓、消化道等，最后需要通过粪便培养判断是否可以解除隔离，故在抗伤寒治疗时疗程要长一些，而非体温正常就可以。
总而言之，对于各种不同感染其疗程不一样，有些疗程比较短，但对伤寒而言，至少要10-14天抗感染治疗。
