慢性直肠炎是一种迁延不愈的疾病，很少情况下出现不治而愈，这种疾病主要是对病因进行治疗。如果是由于便秘、粪渣引起肠道损伤，导致直肠炎，要鼓励患者软化大便，尽量保持排便通畅，减轻肠道炎症损伤。如果是因为感染引起的直肠炎，如阿米巴痢疾、细菌性痢疾，还有肠道血吸虫感染，主要是抗感染、抗血吸虫治疗，来缓解肠道炎症。还有一些非特异性肠炎引起的直肠炎症，可能无法通过去除病因来治疗，只能长期用药控制肠道炎症程度，降低肠道溃疡的发生。
