因为毛囊炎通常是发生在毛发多部位，比头皮或阴毛部位，所以毛囊炎治疗与发生部位无关，均以消炎为主。需强调反复性头皮或阴部毛囊炎，不仅与细菌感染有关，也与身体免疫状态有关，需选择部分既有抗感染、抗细菌作用，又有抗炎作用的抗生素进行治疗。
若头皮或阴部出油、出汗较多，需要使用相应药物进行调理，甚至中成药进行调理，才会达到较好治疗效果，使患者不易复发。否则使用3-5天抗生素治愈后立刻停药，可能不久又出现阴部毛囊炎症状。建议患者到医院就诊，寻找毛囊炎原因。
