溃疡性结肠炎为一种目前公认的难治性疾病，其治疗要进行分期，需要明确患者是处于急性期，还是处于缓解期。
如果患者处于急性期，应该选用激素冲击治疗，或者免疫抑制剂等其他比较有效的治疗，并配合基础性的药物。目前治疗溃疡性结肠炎的药物主要为氨基水杨酸类药物，其中比较常用、有效的药物为美沙拉秦制剂，并且有片剂、颗粒、栓剂等不同剂型。
处于缓解期患者完全可以选用基础性的药物，即美沙拉秦制剂控制病情。溃疡性结肠炎的好发部位一般为左半结肠，但是溃疡性结肠炎可逆行性发展，一般先累及直肠、乙状结肠。
根据累及部位的不同，患者所选的剂型不同。比如在左半结肠，以直肠、乙状结肠为主的时候，可以多选用栓剂或者灌肠治疗。
如果波及全肠，患者可以局部用药，即选用栓剂、灌肠剂，配合口服的颗粒或者片剂进行综合性的治疗。
