现代医学研究克罗恩病的术后复发机制还不明确,粪便、肠道连续性、遗传和免疫等,均可影响复发。转流回肠造口可有效治疗克罗恩病的结肠炎,而发生小肠克罗恩病的风险会降低。回肠、结肠吻合,上段进行回肠造口转流后6个月,内镜及组织学检查没有复发,而未行转流术后复发率高达71%,且回肠造口关闭6个月后,所有患者均会出现内镜下或者病理学上的复发。克罗恩病患者进行回结肠切除术后,其新造的末端回肠,菌落定植量是增加的。结肠切除术后活检显示新造的末端回肠,细菌的计数以及种类,无论是克罗恩病患者还是在对照值中都有明显增加,而回肠造口术后并没有这类改变。还有病例对照研究显示,克罗恩病患者多数的大肠埃希菌以及肠道的菌落较多,所以早期复发可能与大肠埃希菌和类杆菌的计数较高有关,而且这类病人很容易分离出梭菌。