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卵巢囊肿手术现已为常规性的手术，风险不高，但在手术过程中要注意，对于没有生育过的女性患者，需尽量保护好卵巢，尽量避免电凝电烫，因为电凝会造成卵巢永久性的损伤；若患者已经生育过，年龄又较高，则可以电凝电烫。若患者为45岁左右，双侧卵巢囊肿，医生会考虑将囊肿剥除后缝合，最大程度的保护卵巢。年龄较高的女性建议提前检查卵巢功能，判断是否已经进入围绝经期，医生需提前告知患者。

现在所有的良性卵巢囊肿手术都是通过腹腔镜进行，因为手术属于微创手术，通常患者术后一星期即可上班，但由于病假标准是依据多年开腹手术制订的，故可以开一个月的病假。但如果患者是卵巢癌，术式可能为传统的开腹手术，且术后需要化疗，2017版之前根据指南需进行6-8次化疗，2018版的指南提倡要做6次化疗，故患者术后需要更多的休息时间。