先天性心脏病手术的最佳治疗时间取决于多种因素，其中包括先天畸形的复杂程度、患儿的年龄及体重、全身发育及营养状况等。一般简单的先天性心脏病，建议在1-5岁内完成，因为年龄过小、体重偏低，全身发育及营养状况较差，会增加手术的风险；年龄过大、心脏会代偿性增大，有的甚至会出现肺动脉压力的增高，同时会增加手术难度，术后恢复时间也较长。对于合并肺动脉高压、先天畸形严重，畸形影响患儿生长发育、威胁患儿生命、复杂畸形需分期手术的患儿，手术越早越好，不受年龄限制。
