肝吸虫病的治疗原则与其它传染病相同，早发现、早治疗。如果仅发现肝吸虫抗体阳性不给予药物治疗，通常反复多次，尤其用集卵法找到虫卵才进行治疗。重症或有其它心脑血管并发症，年纪较大，且无其它家人能在服药期间照看者，要求住院治疗。治疗之前，因吃鱼生、虾生感染的患者，杀虫治疗前，需进行颅脑平扫，排除脑内、眼睛其它寄生虫病，如猪肉绦虫，再进行杀虫。目前常用药物为吡喹酮，治愈率较高。另外，史克肠虫清也可以选用，治愈率较吡喹酮差。
