中医治疗扁平疣以活血、疏肝、清热为主，代表方治疣汤、马齿苋合剂、治瘊汤为主，外用药可以用维A酸软膏以纠正HPV感染的角质形成细胞异常角化，促进机体建立特异性细胞免疫反应，清除病毒，也可用干扰素氟尿嘧啶软膏、0.7%的斑蝥素治疗，也可采用冷冻、电灼、激光等物理治疗，现在临床上主要以干扰素软膏和维A酸软膏交替使用，因为干扰素有提高免疫功能的作用，维A酸软膏有剥脱的作用，二者合用效果甚佳，还有中医中药如斑蝥毒素，可以去医院让大夫敷涂以防感染。
